复旦大学附属上海市第五人民医院成立于1904年，前身为英国人建造的“西人隔离医院”，院址旧称靶子路41号（现武进路85号）。1945年，改名为“上海市市立第五医院”。新中国成立后，命名为“上海市立第五人民医院”，我国一代名医张涤生、李宝实、张锡泽、彭友珍、陶滦、应元岳、马永江等均曾在医院工作过。20世纪50年代末，为配合闵行工业基地的建设，1960年2月医院整体迁址于闵行鹤庆路801号。1961年起成为原上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）的教学基地。随着环境的变迁、机构的变革和人员的重新组合使得迁院后的医院开始了一段艰辛的历程。老一辈的五院全体员工不气馁、不放弃，仍保持良好的学习传统，努力提高业务水平，在逆境中勇于奋起。1978年至1987年，医院连续5次被评为“全国卫生文明建设先进集体”，1979年获得“国务院嘉奖令”，俞庆庆老院长受到党和国家领导人的亲切接见。1984年11月医院恢复使用“上海市第五人民医院”院名。1989年成为原上海医科大学卫生系唯一的临床实习教学基地。1995年原闵行区传染病医院并入医院。1998年9月，闵行区人民政府和原上海医科大学正式签订了区校共建协议，2004年10月，医院喜迎“百年华诞”之际，正式成为复旦大学附属医院。
在医院百余年的发展长河中，经过几代五院人的努力，医院现已发展成为占地5.81公顷（约90亩），建筑面积6万平方米，集临床、科研、教学为一体的综合性医院。拥有64排CT、16排CT、1.5T核磁共振、800mA 以上DSA、ECT和直线加速器等大型乙类医疗设备，以及Ⅰ级层流手术室、重症监护、血液透析、高压氧舱、双能X线骨密度仪、高档彩色多谱勒超声诊断仪、超声内窥镜、胶囊内镜、超声弹导碎石机、体外冲击波碎石机、钬激光、全自动生化分析仪、全自动酶免分析仪、全自动化学发光免疫分析仪、流式细胞仪、各类微创腔镜手术系统等先进医疗仪器设备，设备总值近1.5亿元。年门急诊130余万人次，住院病人约3万人次，住院手术近万人次。
医院基本完成了三级学科的分设，已发展到37个临床科室，并逐步形成了多层次的特色专科，现有2个市级特色专科：泌尿外科和中医支气管炎专科（为上海市示范性中医科）；高压氧舱治疗为国家级和上海市继续教育项目；肾内科、神经外科、血液科、眼科、耳鼻喉科、病理科、儿科新生儿专业、心内科、呼吸科和骨科等10个科室是闵行区医学特色专科。
医院有在职职工1300余人，其中卫生技术人员约1100人，高级职称120余人，硕博士100余人。医院现有复旦大学“双聘院士”1人；研究生导师15名；享受国务院津贴7名；上海市曙光学者、上海市医苑新星1名、上海市百人计划1名；上海市小百人计划4人；上海市领军人才后备队（闵行区领军人才）8人；闵行区专业技术拔尖人才1人。承担国家自然科学基金、市科委和市卫生局等各级科研课题，年发表学术论文200余篇，其中1/3在国内核心权威期刊和国外专业期刊发表。
目前医院设复旦大学博士后流动站、复旦大学博士点2个、硕士点8个，皖南医学院硕士点3个。承担复旦大学上海医学院、皖南医学院、蚌埠医学院等10余所高校临床教学与实习任务，承担博士后、博士、硕士和本科生等多层次的人才培养任务，建立了与大学附属医院相匹配的人才培养和教学体系，提升了医院临床工作及科研教学水平。2009年卫生部认定为全科医师培养基地，大外科、普外科、放射影像科、血液科等获得上海市住院医师规范化培养基地资格。
2005年5月，借助华山医院神经外科集团的优势，医院与复旦大学附属华山医院共同组建“上海市华山神经外科（集团）医院市五分院”。经过4年的建设，逐步形成以“脑垂体瘤综合诊治”及“脑血管疾病介入治疗”为特色的学科发展方向。
2005年10月，为配合保障上海市2010年世界博览会建设而由市区动迁到浦江世博家园的居民能得到及时、良好的医疗卫生服务，根据市、区各级领导的指示，医院在世博家园设立门诊部。门诊部的医务人员本着“尽我们所能，一切为病人着想”的宗旨,全心全意为世博家园的病人服务,得到了世博家园百姓的充分肯定。
2006年12月，为整合医疗资源，使闵行地区的肿瘤患者能就近享受到市级一流专家的服务，在闵行区政府的大力支持和推动下，以市五医院肿瘤科为基础，闵行区中心医院共同参与，联手组建的“复旦大学附属肿瘤医院闵行分院”正式挂牌。分院的管理整体委托肿瘤医院，诊疗模式完全采用复旦大学附属肿瘤医院的多学科综合治疗模式，可以满足不同肿瘤病人的手术治疗、化学治疗、血管介入治疗、生物治疗、中医中药治疗和放射治疗等肿瘤综合治疗。
2007年12月，借助复旦大学的学科平台，集聚校内相关资源，与中国工程院陆道培院士合作，全国一流的以干细胞移植为主要治疗手段的“复旦大学血液病中心”正式成立。在陆道培院士的带领下，五院在血液病的研究和治疗上取得了突飞猛进的进展。干细胞移植和血液肿瘤病的治疗成为医院血液学科特色。
申报国家药物临床试验机构（GCP）通过了国家食品药品监督管理局的认定并获得《药物临床试验机构资格认定证书》，是医院临床诊疗走向规范化、科学化的另一亮点。目前医院的泌尿外科专业、肾脏病学专业和神经内科专业是通过认证的三个专业，并且也都是医院重点建设的学科。
2009年，医院中心实验室经过持续建设和发展，通过区科委专家组验收，成为闵行区开放式的医学科研平台、闵行区医学科技孵化基地。中心实验室正式投入使用，提升了闵行医学科研能级，推进对外合作交流，促进了闵行区医疗卫生事业的全面发展。
在闵行区卫生局的支持和指导下，逐步构建社区卫生双向转诊服务和会诊中心，目前已建成PACS会诊中心、心电图会诊中心等，并在此基础上创建闵行区慢病管理与科研的平台。
已走过一个多世纪的五院，历经辉煌和沧桑，历经社会变革。现在的市五医院已成为科、教、研全面发展的区域医疗中心，是上海市西南郊地区规模最大的三级综合性大学附属医院。在实现上海市文明单位八连冠的基础上，医院将进一步深化医院管理年活动，推进医院可持续发展，提高医院的内在素质和管理水平。
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