疼痛通常发生在下腹，但有时可扩展到腰既部及直肠、肛门附近，或有性交疼痛，痛经程度因人而异。少数患者的巧克力囊肿可在行经期间发生自然破裂，产生突发性脐周或下腹剧痛，合并有呕吐、肛门坠胀等。续发性、进行性加重的痛经是本病的特征。由于异位的“子宫内膜病灶局部水肿、出血，刺激腹膜，故出现疼痛大约70—80％的患者在月经来潮几年后，出现一年比一年重的痛经。一般在月经前1—2天即开始出现下腹坠痛或腰骶部坠胀、肛门胀憋有排便感，经期第二天达高峰。痛经严重者影响日常生活，不能坚持工作，甚至痛得“滚炕”或“撞头”，痛经的症状随月经结束而消失。