凡是提到雌激素和激素替代治疗，人们都会不约而同地问："会增加得癌的危险吗?"这个疑问在广泛推行激素替代治疗的今天，显得格外引人注目。
争议最大的当数乳腺癌。乳腺癌的危险因素包括家族史、初潮提前和绝经较晚、30岁以后初次妊娠等。科学家进行了一次又一次大规模的流行病学调查，有人把多项研究的所有数据汇总起来，进行详细分析。研究结果认为，连续五年以上的激素替代治疗使患乳腺癌的危险仅轻度增加，并随用药时间的延长，危险性仍有缓慢增加的趋势。另外一些研究表明，激素替代治疗并未增加乳腺癌的危险性。没有证据表明，有乳腺癌家族史的妇女接受激素替代治疗会增加乳腺癌发生，但仍应持谨慎态度。
目前公认的观点是，有乳腺癌病史的妇女，应禁用雌激素替代治疗；有乳腺癌家族史的妇女，应慎用雌激素替代治疗。因为乳腺是雌激素的敏感器官，雌激素可促进乳腺癌病灶的生长 ，使乳腺癌复发率增加、复发时间缩短、生存率下降。需要强调的是，接受替代治疗出现的乳房胀痛并非乳腺癌征兆，而可能是乳腺充血所致，通常经过六个月的适应或调整用药方案即可缓解，不必多虑。
子宫内膜也是雌激素的靶器官。单纯的雌激素替代治疗会增加患子宫内膜癌的危险，即使是小剂量也会增加患子宫内膜癌的危险性。而孕激素对子宫内膜的保护作用已众所周知。已施行子宫全切术的妇女在接受替代治疗时不必服用孕激素。未行子宫切除术的妇女，在接受替代治疗时，一定不要嫌加用孕激素麻烦、费事，因为孕激素是子宫内膜的忠实卫士；在孕激素参与替代治疗后，患子宫内膜癌的几率与不用替代治疗的的几率几乎一致。
迄今为止，没有证据表明激素替代治疗与其他妇科肿瘤有关。国外的资料还表明，激素替代治疗明显改善了上皮性卵巢癌病人的生活质量，而且未缩短他们的生存时间。国外的研究还发现，激素替代治疗使妇女患直肠癌和结肠癌的危险降低。